První zmínka o pánech z Klenového pochází z roku 1287. Počátky zdejšího hradu se proto kladou do druhé poloviny 13. století. Z té doby se zachovala spodní část severní zdi paláce a hranolová věž v nejzápadnější části areálu. Její spodní kruhová část, dnes zčásti ukrytá pod terénem a přístupná otvorem v klenbě, sloužila jako hradní vězení. Věž byla přístupná prvním patrem po můstku z hradby přilehlého paláce. Hrad byl obklopen příkopem, který se dosud zachoval téměř kolem celého hradu s výjimkou prostoru před zámkem, kde byl zasypán v souvislosti se stavbou zámku v třicátých letech 19. století.

V období 14. a 15. století se na Klenové vystřídalo několik generací pánů z Klenového a Janovic. Za vlády Lucemburků předpokládáme intenzivní stavební činnost, zejména v severovýchodní části horního hradu nad zachovanými sklepy. Do té doby lze klást parkánový ochoz kolem celého hradu, který musel být na severní straně založen na klenutých obloucích, dodnes patrných z pohledu od hradního příkopu. Dnešní podoba jihovýchodní části paláce, dnes nejzachovalejší části hradního torza, byla podle zachovaných článků vytvořena v době Václava IV. V prvním patře byl vybudován nový sál s tzv. husitskou kaplí, přiléhající k terase, zřízené v 19. století. Ve svorníku její křížové žebrové klenby, dnes chráněné novodobou střechou, která se výrazně uplatňuje v siluetě hradu, je dodnes viditelná kamenická značka. Tehdy také vznikla polygonální nástavba asi starší kulaté věže, v níž byla umístěna hradní kaple. Po jejím zřícení byl prostor opět v 19. století upraven na vyhlídkovou terasu.

V letech 1420 - 1465 vlastnil rodové sídlo Přibík z Klenového, proslulý válečník, jedna z nejvýznamnějších osobností tehdejšího politického života. Během husitských válek se mu podařilo obsadit Stříbro, jež delší čas držel a za jehož postoupení posléze získal značně panství, zejména Volyňsko a Protivín. Tento čin se zapsal do análů husitských válek jako jedna z nejvýznamnějších událostí této bouřlivé doby. Účastnil se též obléhání Plzně, zároveň prý obležené tajně zásoboval. Vedle různých diplomatických služeb českým králům je příznačný i jeho výpad do Bavor v roce 1450, kde uloupil 600 kusů dobytka a koní. K jeho osobě se též váže pověst, zaznamenaná Václavem Hájkem z Libočan. Podle ní roku 1447 zajal dva polské mnichy, cestující do Bavor, kvůli podezření, že do Říma nesou zprávy, zaměřené proti kališnickému biskupovi Janu Rokycanovi. Krutě je mučil a posléze - aby mučení nevyšlo najevo - je nechal umořit hlady v již zmíněném hradním vězení v hranolové věži. Nejvýznamnějším stavebním činem Přibíka z Klenového bylo další posílení fortifikace. Na nejvíce ohrožené straně, přivrácené k východu, byl svah staršího valu obezděn mohutnou zdí, před ní byl vyhlouben druhý příkop a navršen další val. Tento systém se dodnes zachoval severně od hradu. Podél přístupové cesty a na tak zvané jižní zahradě však byl příkop zasypán a val rozmetán. Nové opevnění bylo progresivní zejména proto, že na koruně opevnění, přístupné z vlastního hradu po rampách, bylo možno manévrovat s děly. Bašty byly přistavěny až dodatečně v pozdní gotice a obezdívku zřejmě mírně přečnívaly. Kromě své vojenské funkce sloužily jako opěrné konstrukce postupně se vychylujícího zdiva. Severní část se zhroutila a byla znovu vybudována až v devatenáctém století v poněkud atypickém tvaru. Podél jižní části, dnes skryté v tělese zámku, se nacházely užitné budovy.

 

V první polovině 16. století skončilo na Klenové panství rodu Klenovských a přes několik dalších majitelů hrad r. 1553 získal Jiří Harant z Polžic a Bezdružic, nezámožný šlechtic, který však působil jako vysoký úředník v císařských službách. Ten na Klenové znovu obnovil panské sídlo. Stavební práce se týkaly zejména horní části hradního paláce. Jedinou dodnes zachovanou částí je budova tzv. purkrabství, tehdy přestavěná z pozdně gotické kuchyně. V sálovém prostoru v patře byl před polovinou 20. století objeven freskový vlys s erby majitelů panství a spřátelené šlechty. Podle tradice se na Klenové narodily některé z mnoha dětí Jiřího Haranta, mezi nimi i Kryštof Harant z Polžic a Bezdružic, významný renesanční politik, cestovatel, hudební skladatel a spisovatel. Ten panství převzal po roku 1584 spolu se svým bratrem Adamem. Adamova část zůstala v harantovských rukou, zatímco Kryštofova se dostala jeho švagrovi, opět Přibíku z Klenového. V roce 1646 byly obě spojeny v rukou hraběte z Martinic. Zhruba od této doby se datuje pustnutí. V roce 1737 se hrad připomíná jako trosky.

Kryštof Harant z Polžic a Bezdružic (1564 - 1621) je nejvýznamnější osobností, spojovanou s Klenovou. S největší pravděpodobností se totiž narodil právě zde, neboť Klenová byla v té době sídlem jeho otce. Dostalo se mu pečlivého vychování z části u domácího učitele, z části na škole v Plzni. Obsáhlé vědomosti a dovednosti získal v kulturním prostředí innsbruckého dvora arciknížete Ferdinanda II. Tyrolského, kam přišel roku 1576 na otcovo přání. Naučil se latině, řečtině, italštině a němčině, vzdělával se v historii, zeměpise, státovědě, politice, teologii, hudbě, matematice a přírodních vědách. Společenský ruch, styky se zahraničními hosty, jakož i provázení Ferdinanda na cestě do Itálie položily základy k jeho cestovatelské zálibě. Po otcově smrti roku 1584 se ujal správy rodinných statků. 1594 až 97 se účastnil protitureckého válečného tažení, během něhož osvědčil vojenský talent i věrnost císaři. Po návratu mu zemřela manželka; pod vlivem této události a zároveň veden ctižádostí blíže poznat země obývané Turky se rozhodl pro pouť do Svaté země. Odjel na jaře 1598 doprovázen svým švagrem rytířem Heřmanem Černínem z Chudenic. Cestu, která vedla přes Bavorsko a Tyroly do Itálie, dále na Krétu, Kypr, do palestinské Jaffy, dnešního Tel Avivu, Jeruzaléma a do Egypta, popsal v cestopisu Putování aneb Cesta z království Českého do města Benátek, jednom z nejslavnějších děl českého písemnictví. Od podzimu 1599 pobýval Kyrštof Harant střídavě na tvrzi Bělá a v Plzni, kde se osobně seznámil s císařem Rudolfem II. Od roku 1600 patřil k jeho úzkému kruhu. 1603 byl povýšen do panského stavu. Po smrti Rudolfa II. působil krátce ve službách Matyášových. 1614-15 byl vyslán s diplomatickým poselstvím do Španělska. Cestu přes západní Evropu údajně popsal v německém cestopise, jehož rukopis se nedochoval. Po návratu odešel z habsburských služeb, žil na hradě Pecka, který získal 1603 druhým sňatkem, věnoval se hospodářství, literatuře a především hudbě jako skladatel a zakladatel zámecké kapely. Dodnes se zacovalo několik Harantových skladeb. 1618 z ne zcela jasných důvodů přestoupil k víře podobojí a aktivně se zapojil do stavovského povstání. 1619 dokonce velel dělostřelbě při obležení Vídně. Za vlády Fridricha Falckého vykonával různé funkce u dvora - královský dvorní a komorní soudní rada, prezident České komory. Pro účast v odboji byl po porážce povstání v únoru 1621 zatčen a odsouzen k smrti stětím. Poprava byla vykonána 21. června na Staroměstském náměstí v Praze. Pohřben byl do kostelní hrobky na hradě Pecka.